1944年，第二次世界大戰后期，包括西班牙在內的廣大南歐國家仍然籠罩在弗朗戈法西斯獨裁政權和內戰狼煙陰霾下。不過飽受弗朗戈領導的叛軍蹂躪了長達幾年之久的西班牙卻仍然有不少地區尚未平息戰亂,北部納瓦拉的山區就依然有一小伙叛軍仍在負隅頑抗,因此，西班牙軍隊還在四處搜捕、屠殺共產黨員和民主人士。12歲的小女孩奧菲麗婭在戰爭中失去了父親，母親卡門馬上就要生下繼父的孩子，她和身懷六甲的母親前往北部與繼父維達會合。維達的是隸屬于弗朗戈獨裁政權的法西斯軍官，負責在西班牙北部追查當地游擊隊的搜捕反抗組織和左派人士，并以絞刑、閹刑等殘暴手段對其進行無情鎮壓，維達唯一的樂趣也是研究各種刑具來折磨殘害被抓來的異見人士。接卡門母女過來同住與其說是共享天倫，還不如說只是要監視卡門把屬于他的骨肉生下來。

在奧菲麗婭隨母親去找繼父的路上，無意中遇到了一只蜻蜓一樣的精靈。精靈跟隨她一直來到維達駐扎的軍隊總部。在那里親眼目睹了冷酷的繼父和其黨羽每日做惡還以此為樂，母親又患病在床，被孤獨感和目睹暴行的痛苦困擾著的奧菲麗婭開始沉浸在自己的幻想中聊以自慰，為逃避現實的無助，唯有進入想象中的魔幻世界。精靈帶領她到了一個廢棄的磨坊，這里是一個神秘的迷宮，關于這個迷宮還有著一個動人的故事，傳說在很久很久以前，在一個神秘的沒有謊言和痛苦的地下王國里，住著一位向往人類世界的公主，她一直夢想可以親眼看到蔚藍的天空，親身感受柔和的微風，以及可以無憂無慮地沐浴在陽光下。終于有一天，她躲過看守她的隨從逃了出去，可是當她走出地下的時候，強烈的陽光刺瞎了她的雙眼，也一天天抹去了她過去的所有記憶，她忘記了自己是誰？來自哪里？身體則飽受現實世界的寒冷以及疾病和疼痛的折磨，最后公主死了。可她的父親——地下王國的國王始終相信自己女兒的靈魂總有一天會回到他的身邊，她只是借由另一個人的軀體，存在于不同的地點，不同的時間里，最終會回到地下。

國王就這樣一直等著自己女兒的靈魂，直到生命的終結、直到世界的終結……據說公主最后回到了她父親的王國，并用她公正和善良的心，統治了這個國度很久很久，她的子民都十分愛戴她……精靈帶領奧菲麗婭來到的地方正是傳說中的冥神為她女兒回去留下的入口，而迷宮的守門人——長著山羊犄角和透明眼珠的半獸人法翁正在等待她的到來，幻想中的秘境原來確實存在。更令奧菲麗婭驚喜的是，法翁告訴她，她就是那個地下王國走失的公主，但要重回她的王國，奧菲麗婭必須在迷宮接受三個挑戰。他給了奧菲麗婭一本書，讓她一個人的時候照著書上說的完成任務。第一個任務是解救一顆古樹，因為有一只古蟾住在樹的根部，古樹瀕臨死去。為了完成這個任務，奧菲麗婭弄臟了母親給她的新衣服。而在完成第二個任務的時候，奧菲麗婭因為沒有經受住誘惑而失敗，還差點搭上性命。此時他的繼父也在地上加緊了更瘋狂的掃蕩攻勢。地上地下，與惡夢的斗爭模糊了幻想與現實的界限。在接受最后一個考驗時,意外發生了，奧菲麗婭最終在自己美好的魔幻世界中微笑地死去……